Det Europeiska Cancer Moonshot Lund Centret
Vi samarbetar med forskarlag från mer än 10 olika länder samt med ”National Cancer Institute ” (NCI, i USA). Mer än 75 000 patienter, och de 15 mest förekommande cancersjukdomarna inkluderas i detta världens största cancerprojekt. Syftet är att bygga en öppen databas, vilken omfattar information om personlig patientinformation (ålder, kön), kliniska data (resultat av blodprover, vävnadsanalys), genetisk information (tidigare sjukdom inom släkten), etc.
Vårt forskningsteam i Lund
Huvudmålet för Cancer Moonshot Teamet i Lund är att hitta och identifiera viktiga diagnostiska proteiner som är kopplade till hudcancer. Arbetet har också fokus på att förstå sambandet och mekanismerna som reglerar dessa proteiner. Om varje gen kodar ett protein så finns det ett mänskligt proteom bestående av 20 000 olika proteiner. Men dessa proteiner kan modifieras och det totala antalet proteiner är okänt. Det innebär att antalet kan vara allt från 20 000 till flera miljoner (1,2). Bland dessa proteiner försöker Cancer Moonshot Lund att hitta de proteiner som är relaterade till hudcancer.
Ett av våra preparationslaboratorium
Beroende på vilken fas sjukdomen befinner sig i samt vilken typ av behandling som används, ändras mängden/halten av proteiner. Vissa proteiner ökar i mängd (ökar i koncentration) och vissa minskar i mängd (minskar i koncentration). Arbetet omfattar att hitta ett mönster bland halterna av proteiner, samt att identifiera de mest signifikanta proteinerna. Detta är viktigt för att förbättra den diagnostiska vården och behandlingen av cancerpatienten.
När dessa proteiner är identifierade kommer det att bli lättare att avgöra om det är hudcancer, och i så fall vilken typ av hudcancer, samt om hur cancern effektivast bör behandlas. Detta är vad forskningen kallar måldrivande behandling.
Vårt forskningsteam erbjuder ett protein sekveneringslab och en helt automatisk biobank. Tillvägagångssättet på hur arbetet utförs beskrivs i nedan flödesschema:
- Blod och vävnadsprover samlas in från hudcancer patienter
- Proverna lagras vid minus 80 grader i en stor robotiserad frys, dvs i en biobank
- Proverna analyseras och proteinerna identifieras med den senaste tekniken (högupplösande masspektrometri)
- Bioinformation: Kraftfulla statistiska mjukvaror och verktyg används för att analysera och korrelera proteiner med kliniska data. Datan presenteras i ett lämpligt format
___
REFERENSER
1. Elena A. Ponomarenko, Ekaterina V. Poverennaya, Ekaterina V. Ilgisonis, et al., “The Size of the Human Proteome: The Width and Depth”, International Journal of Analytical Chemistry, May 19, 2016, Article ID 7436849.
2. Ruedi Aebersold1 , Jeffrey N Agar2 , I Jonathan Amster, et al., “How many human proteoforms are there?”, Nature Chemical Biology, Feb 14;14(3):206-214 (2018).